肝臓班：肝炎ウイルスおよび肝病態との関係の解析、肝細胞癌・門脈圧亢進症のIVRに関する臨床研究、超音波画像解析に取り組んでいます。
消化管班：消化管の中でも食道癌、胃癌および大腸癌の診断、内視鏡切除（特に内視鏡的粘膜下層剥離術：ESD）に関する臨床研究に取り組んでいます。炎症性腸疾患などの慢性疾患、ヘリコバクター感染胃炎や腸炎などの感染症、あるいは機能性消化管疾患に対する治療・研究にも注力しています。
胆膵班：胆・膵腫瘍、胆管炎、総胆管結石、IgG４関連疾患、急性膵炎、慢性膵炎などの胆膵疾患の診断と治療における臨床研究とともに、研究面では、ERCP後膵炎を防ぐための新しいデバイスや、新しい内視鏡の開発を産学共同で進めています。EUSに関しては新しいEUS診断ソフトウェアや膵癌診断マーカー、膵癌治療法、そして分子イメージングの開発を産学共同、基礎医学講座との連携で行っています。